Gandrīz pusi no Gaujas NP teritorijas aizņem meži. Tie atrodas galvenokārt Gaujas un tās pieteku ielejās un pieguļošajās platībās. Pārējo teritoriju raksturo nelieli meža masīvi, kas mijās ar plašām lauksaimniecības zemēm.
Te sastopami gandrīz visi meža tipi, kādi raksturīgi Latvijai, gan priežu, gan egļu meži, bet sastopamas arī samērā plašas ozolu, apšu un ošu audzes, kas īpaši raksturīgas senielejas posmam pie Siguldas. Šeit ir arī vislielākais veco mežu īpatsvars visā Latvijā. Visā ielejā ir daudz vecu (200-300 gadīgu) ozolu, kas aug atklātās vietās vai salīdzinoši jaunās mežaudzēs.
Gar Gauju visā tās tecējumā aug balto vītolu un kārklu audzes. Raksturīgi, ka Gaujas ielejā katrs meža tips aizņem noteiktu reljefa elementu. Augu sugu daudzveidības ziņā visbagātākā ir baltalkšņu gārša.
Gaujas NP teritorija jau no senlaikiem ir bijusi blīvi apdzīvota, tādēļ var pieņemt, ka pirmatnēju mežu te vairs nav. Izcelšanās ziņā meži lielākoties ir dabīgi atjaunojušies pēc mežu ciršanas vai aizaugot lauksaimniecības zemēm. Tomēr ir daudz vecu mežaudžu, kurās saglabājušās dabīgiem mežiem raksturīgas iezīmes. Meža dabiskie biotopi visvairāk sastopami gravu, nogāžu un krastmalu mežos. 

Ievietoja Meldra Langenfelde (19.11.2008.)